元朝正式设立土司制
元世祖中统元年（1260年）置“陕西四川行中书省”，至元二十三年（1286年）始正式建立“四川行中书省”，改“陕西四川行中书省”为“陕西等处行中书省”。蒙军经四川地区西部高原山地南下，故四川西部高原被蒙古军占领，岷江上游的茂、松等地区划归陕西。
元代在少数民族地区设置宣慰司都元帅府及军民府、安抚司、招讨司、长官司等，正式建立土司制度。至元元年（1336年），元王朝设宣政院，统管全国佛教寺院及其征服的少数民族地区，对藏族的上层喇嘛和地方首领均授以封号，并准其世袭官职。四川少数民族地区第一次出现了由封建王朝正式册封的大批土司。在今阿坝州境内建置：
松潘客迭威茂等处军民安抚司，隶属于陕西等处行中书省，元初置，世祖至元二十年（1283年）改宣抚司迁治于汶川县，后还治（在今松县进安镇）。茂州，隶属于吐蕃等处宣慰司都元帅府，领汶山县、汶川县。威州隶属于成都路，领通化县、保宁县。松州，元复置。
潘州，元置（治地在今松潘县漳腊），分上、中、下潘州（治地分别在今若尔盖求吉乡、松潘漳腊、平武县境内班班族地区）。金川地区，元世祖忽必烈征服吐蕃后，在大渡河流城置朵甘思，属吐蕃等处宣慰司，后隶陕西行中书省，以吐蕃僧帕斯巴（即八思巴）为大宝法王帝师统领其地时，金川为朵甘思的一部。
明洪武八年（1375年）置四川都指挥使司，分领各安抚司、招讨司、长官司及诸卫所；翌年改四川等处行中书省为四川承宣布政使司。洪武二十年，松潘等处军民指挥使司改属于四川都司。明代除承认元朝所封的土司外，还册封了更多的土司。在今阿坝州境内行政设置包括：
茂州仍置（治所今茂县凤仪镇），隶属于成都府。
汶山长官司，洪武七年（1374年）置（治所今茂县西北）。
静州长官司，洪武七年置（治所茂县东静州）。
陇木头长官司，洪武四年颁以印信，七年置（治所今茂县光明乡龙木头）。
岳希莲长官司，洪武初颁给印信，七年置；熹宗天启年间（1623～1627年），加授宣慰司（治所今茂县西南）。
瓦寺安抚司，正统六年（1441年）置（治所今汶川县涂禹山；该土司系西藏加渴地区藏族酋长雍中罗洛思奉朝廷之命率部远征岷江河谷平乱后，诏令驻守所赐封）。
汶川县（治所今汶川县绵虒镇）。
汶川长宫司，洪武七年置（治所今汶川县绵虒镇）。
寒水关巡检司（治所今汶川县寒水驿）。
威州仍置，隶属于成都府。洪武二十年，复划保宁县入州，旧治西北民凤坪里；宣德三年（1428年），迁保子冈河西（今汶川县威州镇西保子关）；宣德十年，又迁保子关河东千户所，领保县（洪武六年分保宁县地置）。
松潘卫，明洪武初仍名松州，亦属陕西行省；洪武十二年兼置检州卫和潘州卫，并为松潘卫；十三年罢卫，二十年罢州，改卫为松潘等处军民指挥使司，隶属四川都司。世宗嘉靖四十二年（1563年）罢军民司为卫，领2千户所，17长官司，5安抚司。
小河守御千户所，宣德四年置（治所今松潘县小河乡）。
占藏先结簇长官司，洪武十四（1381）年置。
蜡匝簇长官司，洪武十四年置。
白马路簇长官司，洪武十四年置。
山洞簇长官司，洪武十四年置。
阿昔洞簇长官司，洪武十四年置（治所今若尔盖县河西乡）。
北定簇长官司，洪武十四年置（治所今松潘县北定关）。
麦匝簇长官司，洪武十四年置。
牟力结簇长官司，洪武十四年置（治所今松潘县牟尼）。
班班簇长官司，洪武十四年置，即旧下潘州地（治所今平武县境）。
祈命簇长官司，洪武十四年置（治所今松潘县水晶乡）。
勒都簇长官司，洪武十四年置。
包族先结簇长官司，洪武十四年置。
阿用簇长官司，宣德十年（1435年）置（治所今松潘大寨乡）。
潘干寨长官司，正统五年（1440年）置。
别思寨长官司，宣德十年置。
八郎安抚司，永乐十五年（1417年）置。
麻几匝安抚司，宣德二年（1427年）置（治所今马尔康市马尔康镇）。
阿角寨安抚司，正统五年置。
芒儿者安抚司，正统五年置（治所今松潘县毛儿盖）。
思琼日安抚司，正统十一年置（治所今平武县北）。
叠溪守御军民千户所、本叠溪右千户所，洪武十一年以右翼州置，属茂州卫；洪武二十五年改置，直隶四川都司。南有南桥、中桥、彻底三关，北有永镇桥关、镇平关，西有叠溪桥关，东有小关，均为洪武十一年置（治所今茂县叠溪）。
叠溪长官司，永乐元年（1403年）置（治所在千户所城北）。
郁郎长官司，永乐元年置（治所茂县北较场乡西团结村）。
杂谷安抚司，永乐五年（1407年）置（治所今理县杂谷脑镇）。
金川地区，明初改设朵甘都指挥司，永乐五年三月丁已（1407年4月10日）封哈立麻（即哈伊拉木）为大宝法王金川演化禅师，颁授印信，世领其地。
今阿坝州境内其余地区如观音桥、马尔康、壤塘、阿坝等地区均为部族割据。
·州志办提供资料记者王和斌整理·
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