溯源“奥密克戎”:说出你的秘密 揭秘市疾控新冠病毒基因测序实验室,最快可在24小时内得到测序结果
文/图半岛全媒体记者齐娟
青岛市曾公布本轮新冠肺炎疫情的病毒基因组序列,公布疫情全基因测序结果与我国本土和入境人员病例基因库比对情况。通报中,这些专业结论是如何得到的?新冠病毒全基因组测序工作又是如何开展的?日前,半岛全媒体记者跟随市疾病预防控制中心应急检测组,了解新冠病毒全基因组测序的方方面面。
确定基因型别
进行新冠病毒基因溯源
来到青岛市疾病预防控制中心的微生物检验科,长长的走廊两边都是不同功能的实验室。根据工作划分,实验室配备了核酸提取仪、核酸定量仪、荧光定量PCR仪(基因扩增仪)、普通PCR仪、全自动分子诊断系统、全自动分杯处理系统和二代测序仪等先进仪器设备。
据工作人员介绍,市疾控中心承担了全市新冠病毒疑似阳性样本的复核和全基因组测序工作。
“一旦全市医疗卫生机构、第三方检测机构等具有新冠病毒核酸检测资质的单位筛查出阳性的样本,就会样本送到市疾控中心新冠实验室。对于复核阳性的首发病例、指示病例及入境人员病例的核酸样本,我们会在第一时间进行全基因组测序工作,来确定病毒的基因型别,并进行新冠病毒基因溯源。”市疾控中心微生物检验科主任、应急检测组组长汪照国介绍道。
“国标”72小时
青岛最快24小时出结果
应急检测组成员刘思彤介绍,完成数据比对后,还要及时撰写全基因组测序分析报告。
“每个病例基因组序列全长多少,为奥密克戎变异株哪一进化分支,与哪个首发或指示病例共享最多突变位点,或又在此基础上增加了哪个突变位点,推断可能与哪次疫情为同一传播链。”刘思彤介绍,若青岛的数据库查无此例,则需要与省疾控、国家疾控的数据库进行比对。
“国家对新冠病毒测序工作要求的时长是72小时出结果,经过我们团队的不断努力,可以40个小时完成样品的接收、处理与分析工作。对于一些特殊的样本,最快可以在24小时内得到测序结果。全基因组测序工作在国家和省级专家的支持下,在青岛市各级领导的关怀下,有了突飞猛进的发展。”汪照国说道。
汪照国介绍,青岛市疾控还具有第三代全基因组测序能力,“二代和三代测序技术相结合,能够为突发公共卫生事件中的全基因组测序工作设置‘双保险’。”
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