勤筹谋，苦经营，宜山画蓝图
待1938年10月底，全校师生安抵宜山，竺可桢感觉又完成了一件大事。随后，他竭力筹划、苦心经营宜山办学一切，开始呵护和建设这个难得的办学宝地。硬件来讲，除利用宜山城内原有的公共空间如文庙、会馆、学校分散办学外，浙大先在标营搭建教室、礼堂、宿舍、膳厅、阅报室、疗养室等基础设施，使之成为宜山浙大的核心校园。后又在龙江对岸小龙乡筑校舍、教工宿舍，规划宜山浙大新蓝图，以至浙大离宜以后，这些设施均为广西军队、地方所利用。而软实力建设，诸如完善导师制，复刊浙大校报和校刊，制定浙大校训和校歌，招揽因战乱而离散的各科教授，设立“侠魂女士奖学金”，印行《浙江大学西迁纪实》，创办浙大宜山实验小学，筹办浙大龙泉分校，等等。
这一切，是竺校长藉繁忙操劳以抵御刚刚经历的丧妻失子之痛，还是作全方位准备以摆脱本就不欲久留的浙大，抑或两者兼而有之，今天我们不得而知。但1939年3月4日下午，借出席第三届全国教育委员会第三次大会赴重庆之机，竺可桢“至陈立夫寓，与谈摆脱浙大事。余谓一俟学校迁移定局即欲摆脱，因叔永欲余兼办地理研究所也。立夫嘱余继续至抗战终结”。3月8日，蔡元培亦致函陈立夫，意调竺可桢回中央研究院。两厢联系，不难猜想这应该不是偶然的。竺可桢对气象研究情有独钟，念念不忘。在兼掌浙大和气象所的最初几年里，“桢意侧重在回研究院，在桢个人决无离所而专就浙大之理。”
这是他一直的初衷，似绝不因环境改易而改易。于是在宜山，竺可桢一边布局宜山建设，一边策划个人进退。8月3日，他与气象所代理所长吕炯（蕴明）表示：“只要浙大在小龙江新建筑计划有头绪，各院院长、教授请定，亦可称为小康时期。桢虽求去，当亦可对得住学校矣。”
竺可桢几次在日记中自曝就职浙大后身心俱疲而“苍老”遽至的悲凉心境。“自至杭长浙大以来，余两鬓几全白，颓然老翁矣”，时1937年12月6日，竺可桢年47，莅浙大仅一年有半。沉重，无奈，又不愿有辱使命，竺可桢的浙大十三年可谓艰涩无比。这十三年，是浙大之幸，没有竺可桢这样一位十三年如一日秉持“求是”理念全身心投入学校管理的校长，浙大化蛹为蝶或是不可想象的事。这十三年，却又是竺校长之不幸，那种牺牲自我成全浙大却不时招致各方误解的无奈，让他倍感凄凉——浙大十三年里，他有十一年曾努力“摆脱浙大”，尤其最初几年，几乎每将队伍带至一地，长松一口气的竺可桢前往教育部的第一件事就是提出辞呈，以履“半年”之约，孜孜不倦。
从宜山日记开始，竺可桢的个人立场表达得更其充分，无论是对时局的品评，还是对师生的臧否，似都更有针对性。这一方面是侠魂走后，内疚和孤独让竺可桢越来越有苍老之感，对世事亦更多一分觉醒和体悟；另一方面，因为战争、疾病和无时不在的死亡，亦似使世人不惧多暴露一些真面目。
1939年11月25日，广西首府南宁在被轰炸一个月后终至陷入敌手，这使浙大师生对宜山安全产生了严重的疑惑。竺可桢立即着手部署迁校计划，但学生自治会却给这一计划制造了压力。11月26日，自治会主席虞承藻“来谈学生会活动、工作及膳贴，最后问及企沙上岸南宁危急，学校善后处理”；11月27日，竺可桢报告26日校行政会议“照常上课，俟敌过宾阳后即出发赴黔”的议决后，虞则报告学生自治会五条以针锋相对，“其中二条，一为立即停课，一为筹备迁移”，甚至“假纪念周包围余，即日停课迁校，否则辞职”；28日并组织学生罢课；12月7日晚五点，竺可桢正召集会议讨论学生贷金问题，“未几虞承藻率学生约百人来，秩序尚佳，但其中有孙祺荃等数人出言无理、形同要挟。……结果给与公路局车资（都匀24元左右）而散”。竺可桢叹曰：“近来两次包围，一为迁移校舍，一为增加贷金，均属无聊之至。因无此包围，同属一样结果”。同时，“教职员亦纷纷离去”。12月5日，竺可桢至图书馆阅报，“见课室均阒焉无人，后知教员告假者已有十六[？]人”。
面对此番景况，竺可桢再度提出辞呈，态度似较之前为更坚决：“余于明春三四月一俟遵义迁定以后必去浙大而回气象研究所”；“骝先劝余弗辞浙大事，余则以为非辞不可”。
当然，即便如此，最后的结局仍然是，竺可桢为顾全大局，在宜山坚持长校三个学期，然后再度率校西征。
遵“求是”，寻真理，宜山定校训
宜山是浙大师生为避战乱奔波一年后，暂得长驻的一处内迁地，相对于建德和吉安、泰和，竺校长在这里作了更多规划和建设，不仅是基础设施，更是治校理念。可以肯定地说，这里是竺可桢教育思想最集中的诞生地。
1938年11月1日，浙大在宜山开学。学生照例被召集行开学礼。竺可桢与同学们讲曾任庐陵（今吉安）知府的乡贤王阳明的“知行合一”与“良知”之说，举其严谨治学、身体力行、公忠坚毅、舍身报国的艰卓精神，督勉各生能自觉觉人，自淑淑人，励志力学，敦行各端：
大学教育的目标，绝不仅是造就多少专家如工程师医生之类，而尤在乎养成公忠坚毅，能担当大任，主持风会，转移国运的领导人才。
综观阳明先生治学、躬行、艰贞负责和公忠报国的精神，莫不足以见其伟大过人的造诣，而尤足为我们今日国难大中学生的典范。
又以做学问求真知灼见，实用上能验诸行事，“正合先生之教”：
本校本历史的渊承（本校前身是前清的求是书院），念治学的精义，将定“求是”二字为校训，阳明先生这样的话，正是“求是”二字的最好注释，我们治学做人之最好指示。
这篇训辞，《王阳明先生与大学生的典范》，在《国命旬刊》第15号刊出。
而竺可桢为家乡的大学拈出“求是”二字作校训，事实上决非偶然。临浙大未久，1936年5月5日，竺校长即因各方谋事者日多，而在日记中自白：“惟以是非为前提，利害在所不顾”。可见，求真务实，不徇私情，这是竺可桢与身俱来的“浙东人的硬气”。加之求是书院之遗风，哈佛校训的“不约而同”，和在吉安遭遇的王阳明，给了竺可桢充分的理由，也给了宜山华丽的机会。
11月19日，宜山学期第一次校务会议上，竺可桢与同仁们一致通过以“求是”为浙大校训。从此，“求是”校训诞生在宜山，“求是”精神成为几代浙大师生最核心的价值追求。
1939年2月4日，竺可桢召集一年级新生作《求是精神与牺牲精神》的演讲。在这次演讲中，竺可桢强调了“求是”精神与未来领袖应担负之使命的关系，希望年轻人能把是非得失了然于心，然后尽力行之：
你们要做将来的领袖，不仅求得了一点专门的知识就足够，必须具有清醒而富有理智的头脑，明辩是非而不徇利害的气概，沉思远虑，不肯盲从的习惯，而同时还要有健全的体格，肯吃苦耐劳，牺牲自己努力为公的精神。
而在1941年5月9日所作《近代科学之精神》演讲中，竺可桢明确表示，近代科学的目标就是探求真理，而蕲求真理的态度应该是：
（一）不盲从，不附和，一以理智为依归。如遇横逆之境遇，则不屈不挠，不畏强御，只问是非，不计利害。（二）虚怀若谷，不武断，不蛮横。（三）专心一致，实事求是，不作无病之呻吟，严谨整饬，毫不苟且。
竺可桢时代的浙江大学，一直挣扎在动荡而惨酷的战争阴影中，宜山浙大更是那一段艰难困顿的缩影。可是，不断的迁徙和奔波，持久的外侵或内乱，无论安稳富庶还是民不聊生，无论平和清静还是被搅得鸡犬不宁，都毫不影响竺校长在他长校的十三年里，始终信奉独立思想，始终坚持民主治校，始终以“求是”校训烛照一届届浙大学子，鼓舞他们探求真理的勇气和明辨是非的才能，培养他们“只问是非，不计利害”的人格与独求其真、独问其是的精神。这是一所大学的生命和要义所在。没有了这样的勇气和才能，一所大学也就背弃了它成其为大学的科学精神和社会道义。从这个意义上讲，竺可桢在宜山为浙大楷定的“求是”校训，早经超越了那个特殊的年代和特定的地域，而成为代代大学中人人人自问人人自省的一面镜子。
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