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西南医科大学附属医院康复医学科的前身是成立于1986年3月的康复医学教研室，挂靠于门诊部理疗室，于1990年5月合并门诊理疗室，在四川省内首家成立带24张住院病床的康复医学科。2004年获得2项四川省人民政府科技进步三等奖，开始招收康复医学与理疗学专业硕士研究生。2008年成为国家级康复医学住院医师规范化培训基地。2009年促成学校与香港中文大学医学院签署联合办学协议。2011年，成立西南医科大学康复医学系。西南医科大学康复医学系为四川省康复治疗学一流本科专业建设点、西南医科大学附属医院康复医学科为四川省医学甲级重点学科、四川省医师协会康复医师分会会长单位，科室实行系科合一的管理体制。康复医学科下设6个亚专业医疗组，其中包括单独设立了22张床位的心肺重症康复医疗组，成员包括心肺重症康复医师、物理治疗师及护士，他们积极与ICU、普胸外科、呼吸内科、神经外科、神经内科、肝胆外科、急诊科等科室开展多学科团队协作。
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