■新冠肺炎病例及密切接触者实时采集分析系统上线■对病毒传播分子溯源,探索传播模式及病毒进化的时空分布规律疫情“画像人”:工作就跟破案一样
岳勇(左)和同事进行“流调”分析
“××区新增一例新冠密切接触者,从××市转入。”——成都市疾病预防控制中心的新冠肺炎疫情应急指挥中心,新冠肺炎密切接触者采集分析系统发出新的提示。
为抗击新冠肺炎疫情,成都启动首批8个应急科技攻关项目,成都市疾控中心承担的“成都地区新型冠状病毒疫情应急响应模式的构建及应用”即其中之一。
构建成都市新冠肺炎病例及密切接触者实时采集分析系统,掌握成都市新冠肺炎疫情的流行特征,探索成都市新冠肺炎的时空分布规律……这些,都是这个应急科技攻关项目中的重要组成部分。如今,作为抗击新冠肺炎的“排头兵”,像庹晓莉、岳勇、杜长慧一样的疾控人,正在和时间赛跑,在一线战“疫”的同时,群策群力推动应急科技攻关。
他们“连轴转”了40天,每天工作超过16个小时,熬过数不清的夜……而他们的目标只有一个,希望用科技赋能战“疫”。
仅用3天时间 实时采集分析系统上线
市疾控中心新冠肺炎疫情应急指挥中心,每天要处理大量信息和指令,串联起疫情防控公共卫生响应全链条,是疾控指挥调度及信息汇总分析的枢纽,成都市每日新冠肺炎疫情最新情况的数据即来源于此。
每天工作超过13个小时,有时候甚至会通宵加班,电话24小时待命,这早已成为市疾控中心应急办主任庹晓莉工作的常态。对密切接触者追踪管理,是疫情防控中的重要环节。在市科技局应急攻关项目的支持下,庹晓莉和团队当机立断,决定在已有的疾病监测系统上,新建一个针对新冠密切接触者的实时采集分析系统。
“时间就是生命,我们必须分秒必争。”庹晓莉说,我和我的团队每天都见缝插针与研发团队商量、讨论,修改……目的就是让这个系统能够尽快上线。仅仅用了3天时间,成都市新冠肺炎病例及密切接触者实时采集分析系统1.0版上线,它将所有确诊病例、疑似病例以及密切接触者纳入一个完整的数据库,分级分类管理,快速追踪。
庹晓莉说,下一步,还计划聚焦数据的可视化呈现,把枯燥的数字所代表的意义表达出来。而在以后,其他的传染病防控,这套系统也将继续发挥重要作用。
根据“人物关系图” 最终形成“流调”报告
在成都市疾控中心流行病学调查组副组长、传防科副科长岳勇办公室里,最显眼的是一面比人高的支架式写字板,上面密密麻麻画着确诊病例的“人物关系图”,而这是一张经过数个小时的问询,而画出的关系图:以核心病例的发病时间为放射线,往前推算14天内,从病例日常生活轨迹中寻找蛛丝马迹,分析可能的感染来源,便于及时控制传染源;往后至调查当日,详细调查病例的所有活动轨迹,遇到的人,具体到时间点均要调查,便于判断可能的密切接触者。所有大型聚会接触到的人,以及他们的密切接触者,都在这张“人物关系图”上。
“从某种意义上来讲,流行病学调查与刑警办案一样,越快地排查锁定‘嫌疑人’就越有利于案件侦破或减少案件再发。”岳勇说,我们会把疑似或确诊病例的行动轨迹、传染案例画成关系图,分析全市所有确诊病例传染路径、地区分布、人群特点;然后通过大数据,最终形成“流调”报告,提出合理的预防对策和健康服务措施。
“目前我们对新冠病毒的了解有限,还需要不断加深认识。这需要我们在开展‘流调’中,对每一个疑似或者确诊病例展开调查,以尽可能细致地摸清他们的行动轨迹,找到密切接触者,并从流行病学上分析病毒特征,最终形成资料报告。”在岳勇看来,“只有这些工作做得越深入,信息越细致,尽快掌握一手资料,才能为疫情防控提供支撑,并形成有效的防控经验。”
用GIS系统 探索病毒时空分布规律
在已掌握的数据基础上,如何形成对病毒规律进一步的系统认识?杜长慧团队和微生物检验科正在通力协作,计划借助GIS地理信息系统,结合病原基因测序与进化分析,对病毒传播进行分子溯源,探索病例的传播模式及病毒进化的时空分布规律。
作为牵头人之一,杜长慧和团队成员已完成了大量的方法和技术测试的准备,数据整理和分析也在有序开展。据杜长慧介绍,此前团队也计划在成都地区诺如病毒的分子流行病学研究引入GIS系统,以研究病毒进化时空分布规律,已积累了一定的研究基础,此次也希望通过这项技术为新冠疫情防控提供帮助和支持。
与此同时,经过前期收集病例和密接的流行病学信息、采集病例的标本,微生物检验科将建立基因测序方法,挑选合格标本进行测序与进化分析,整理并数字化流调信息。最终,在GIS系统和分子溯源技术的助推下,将有望展示新冠病毒的传播模式及病毒进化的时空分布规律。
本报记者 宋妍妍 文/图
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