第五版：首次设立索引资料分册
在出齐《十万个为什么》第四版之后，1995年少年儿童出版社开始筹备出版第五版。因为在1999年出版，第五版通常被人们称为“新世纪版”，有几大特色：一是紧凑、简练，从第四版的24分册，缩减为12分册；二是与时俱进，除保留原版中的基础科学知识部分，刷新了2/3的篇幅，涉及50余个学科，3000多个“为什么”，新增了环境科学、材料科学、信息科学、基因科学等最前沿的科学知识，总计300余万字；三是强调科学家的作用，21位中国科学院和中国工程院院士组成这部书的编委会，众多著名科学家担任各分册的主编；四是首次设立索引资料分册，读者依照关键词，可从资料分册查到相关内容在书中的具体位置。
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